Указом Президента Российской Федерации от 9 марта 2004 года была образована Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор).

Управление Россельхознадзора по Иркутской области создано 22 февраля 2005 года. С 2014 года по настоящее время Управление осуществляет деятельность на территории двух субъектов Российской Федерации – Иркутской области и Республики Бурятия.

В соответствии с Положением Управление осуществляет функции по государственному контролю (надзору) в сфере ветеринарии, обращения лекарственных средств для ветеринарного применения и в области обращения с животными, карантинный фитосанитарный контроль, земельный надзор в отношении земель сельскохозяйственного назначения, а также государственный контроль (надзор) в области обеспечения качества и безопасности зерна и продуктов переработки зерна, в сфере семеноводства в отношении семян сельскохозяйственных растений, в области безопасного обращения с пестицидами и агрохимикатами.

Среди задач Управления – контроль за соблюдением требований законодательства Российской Федерации в указанных сферах, обеспечение продовольственной, эпизоотической и биологической безопасности региона, а также защита от опасных инфекционных заболеваний, общих для человека и животных, устранение угроз проникновения карантинных объектов, вредных для почвы, растений и продукции растительного происхождения.

Государственный пограничный ветеринарный и фитосанитарный контроль осуществляются на железнодорожных станциях ВСЖД – от станции Тайшет (граница с Красноярским краем) и до станции Наушки (граница с Монголией) – протяженность пути около 1400 км, а также в трех международных аэропортах городов Иркутск, Братск и Улан-Удэ «Байкал», речном порту «Осетровский» г. Усть-Кута, автомобильных пропускных пунктах «Кяхта» и «Монды», на стационарных постах ГИБДД «Тайшет» и «Рубеж» (г. Слюдянка), весовом посту «Сотниково» (г. Улан-Удэ).

Площадь земель сельскохозяйственного назначения Иркутской области и Республики Бурятия составляет 5,6 млн. га, из них 4,5 млн. га – сельскохозяйственных угодий, в том числе 2,3 млн. га пашни. Территории относятся к поясу рискованного земледелия, но, несмотря на этот фактор, сельскохозяйственные производители активно работают в таких направлениях как выращивание зерновых, овощей, а также животноводство, оленеводство, звероводство, пушной промысел и рыболовство. Собственной сельскохозяйственной продукцией поднадзорные территории обеспечиваются недостаточно, многие продукты питания завозятся из других субъектов РФ, а также стран ближнего и дальнего зарубежья. На территориях субъектов действует более 800 сельхозпредприятий, около 6 тыс. крестьянско-фермерских хозяйств, 330 тыс. личных подсобных хозяйств.

Управление осуществляет деятельность на базе 9 профильных отделов и 2 обеспечивающих отделов во взаимодействии с региональными органами исполнительной власти и местного самоуправления, министерствами сельского хозяйства и продовольствия, службами ветеринарии, общественными организациями.

Управление взаимодействует с прокуратурами Иркутской области и Республики Бурятия, Байкальской межрегиональной природоохранной прокуратурой, по согласованию с которыми осуществляются все контрольно-надзорные мероприятия, а также с территориальными управлениями Роспотребнадзора и Росприроднадзора, Федеральной таможенной службы и Федеральной службы судебных приставов, ГУ МВД по Иркутской области и МВД по Республике Бурятия, Восточно-Сибирским ЛУ МВД на транспорте.

В решении возложенных задач Управление опирается на подведомственные Россельхознадзору аккредитованные лаборатории – ФГБУ «Иркутская межобластная ветеринарная лаборатория» (Иркутская МВЛ), Иркутский и Бурятский филиалы ФГБУ «Всероссийский центр карантина растений» (ВНИИКР).

Также Управление сотрудничает с ФГУП «Республиканский фумигационный отряд», филиалами ФГБУ «Российский сельскохозяйственный центр» (Россельхозцентр), Ассоциациями крестьянских фермерских хозяйств и сельхозкооперативов, лесозаготовителей и лесоэкспортеров, Иркутским НИИСХ РАСХН, Иркутским государственным аграрным университетом им. А.А. Ежевского (ИГАУ), Буряткой государственной сельскохозяйственной академией им. В.Р. Филиппова (БГСХА) и другими.

Для достижения эффективности контрольно-надзорной деятельности руководители Управления принимают участие в работе 12-ти Межведомственных комиссий при главах и правительствах Иркутской области и Республики Бурятия, а также 8-ми Координационных советов по направлениям надзора и в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации.